Az 1984-ben összeállt, eleinte kis csapat néhány napja töltötte be 30. születésnapját. A céget Jason Rubin és Andrew Gavin alapította kezdetben JAM Software néven (ami a Jason and Andy Magic címnek a rövidítése). Ha már a Naughty Dogról írunk, legeltessük szemeinket a csapat rövid történetéről: két emberünk (J.R és A.G) rendelkezett némi tapasztalattal a Lisp és C++ programozás terén, társultak, s így jött létre az említett JAM. Az adatok szerint legelső játékuk Ski Crazed néven futott, amit néhány fejlesztés és újraprogramozás után a Baudville kiadott és megvásárolt tőlük 250 dollárért. Ezután kezdtek bele a Dream Zone című kalandjátékukba, amit először Apple IIGS rendszereken jelentettek meg, de később átportolták Atari ST és Amiga gépekre is. 1989-ben újabb játékot készítettek Keef the Thief néven, amit az Electronic Arts adott ki Apple IIGS-re, Amigára és PC-re, ugyanebben az évben keresztelték át cégnevüket a mára már nem kevésbé ismert Naughty Dogra.

A kilencvenes évek elején készítették el a Rings of Power nevű játékot (ismerős a Rings of Power név, Crash Bandicoot 3 Warped fanok - az egyik repülőgépes pályáról? ;) ), ami Sega Mega Drive-ra jelent meg, ám akkoriban cégük a csőd szélén állt. Nem sokkal ezután készült el a Way of the Warrior, ami bemutattak az Universal Interactive Studios fejének - Mark Cernynek -, aki elégedett volt a munkával és szerződést ajánlott a Naughy Dognak, hogy három új játékot készítsenek az Universal figyelme alatt, Rubin és Gavin felvetette a háromdimenziós akció-platformjáték ötletét. A játék fejlesztése 1994-ben kezdődött, a cég a ma már sok játék terveiben résztvett Charles Zembillas és Joe Pearson tervrajzost, alkotót kérték fel a szereplők megtervezésére, ennek eredményeként megszületett a főhős, Crash Bandicoot. A Sony Computer Entertainment elvállalta Crash forgalmazását, a játékot először az E3 rendezvényen mutatták be nagy sikerekkel - Crash Bandicoot lett a Sony úgynevezett kabalája és az egyik legsikeresebb játéka a több, mint 6,8 millió eladott példánnyal - ez a szám az akkori adatok szerint természetesen csak nőtt.
A Crash Bandicoot első része után még három játékot jelentettek meg Crash játékból: Crash Bandicoot 2 Cortex Strikes Back, Crash Bandicoot 3 Warped és Crash Team Racing néven. A négy címmel sajnos véget is ért a Naughy Dog-féle Crash széria, ezután készített a cég több más játékot is, például a Jak & Daxtert, az Uncharted-et, illetve a The Last of Us-t.
A cég a kilencvenes években egy épületben dolgozott az Insomniac Games-sel - amiről jól tudjuk, hogy ők a Spyro the Dragon alkotói, amelynek stílusa nagyon hasonlít a Crash játékokéhoz. A Naughty Dog és az Insomniac inkább jó kapcsolatot ápolt egymással, versengésük is inkább baráti volt. Továbbá az ND bizonyos tekintetben kapcsolatban állt a Ready at Dawn, az SCE Japan, a Sony Santa Monica, a Guerrilla Games, a Sucker Punch Productions, a Media Molecule, a Zipper Interactive, a Bungie és az Incognito Games fejlesztőkkel is.

Játékok JAM Software-ként

• Math Jam [1985 | Apple II]
• Ski Crazed [1986 | Apple II]
• Dream Zone [1987/88 | Apple IIGS]

Játékok Naughy Dog-ként

• Keef the Thief [1989 | Apple IIGS, Amiga, DOS]
• Rings of Power [1991 | Sega Genesis / Mega Drive]
• Way of the Warrior [1994 | 3DO]
• Crash Bandicoot [1996 | Play Station]
• Crash Bandicoot 2 Cortex Strikes Back [1997 | Play Station]
• Crash Bandicoot 3 Warped [1998 | Play Station]
• Crash Team Racing [1999 | Play Station]
• Jak & Daxter: The Precursor Legacy [2001 | Play Station 2]
• Jak II [2003 | Play Station 2]
• Jak 3 [2004 | Play Station 2]
• Jak X Combat Racing [2005 | Play Station 2]
• Uncharted - Drake's Fortune [2007 | Play Station 3]
• Uncharted 2 Among Thieves [2009 | Play Station 3]
• Uncharted 3 Drake's Deception [2011 | Play Station 3]
• The Last of Us [2013 | Play Station 3]
• The Last of Us Remastered [2014 | Play Station 4]